​El Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) tiene diversas funciones. Además de su labor investigadora, financiadora y formativa, da cobertura al Sistema Nacional de Salud prestando diversos servicios, entre los que se encuentra la respuesta técnica a posibles alertas de salud pública. El reciente brote de listeriosis es un ejemplo de cómo el Centro Nacional de Microbiología, con sus diferentes laboratorios de referencia nacional, presta servicio al sistema sanitario con la recepción, análisis y catalogación de muestras biológicas. El ISCIII ha sido protagonista en el manejo de todas las crisis de salud pública que ha sufrido España en las últimas décadas, desde las 'vacas locas', pasando por la gripe A y el Ébola, hasta la citado listeriosis, entre otrs muchas.

Los laboratorios de referencia del ISCIII ofrecen servicios de diagnóstico, caracterización, mantenimiento y suministro de material, y asesoría científico-técnica a los diferentes agentes del Sistema Nacional de Salud (SNS). Estos laboratorios son básicos para el buen funcionamiento del SNS, ya que aportan metodologías diagnósticas, de caracterización y de control de enfermedades que, por su complejidad o su baja prevalencia, no forman parte de la cartera de servicios del sistema sanitario, según explica el director del Centro Nacional de Microbiología, Jesús Oteo.

La secuenciación masiva es uno de los métodos clave en este trabajo. Esta herramienta permite obtener la secuencia total de ADN de un microorganismo, lo que permite realizar estudios de análisis, seguimiento, evolución y trazabilidad al obtener su huella genética. La trazabilidad y seguimiento de los microorganismos permite averiguar la fuente u origen de un determinado brote infeccioso, incluso analizar el movimiento geográfico de microorganismos que, por ejemplo, sean especialmente virulentos o resistentes al tratamiento con antibióticos. De esta forma, es posible saber de dónde proviene un microorganismo, cómo se ha expandido e incluso predecir una posible futura expansión.