Conforme establece el Real Decreto 375/2001, de 6 de abril, por el que se aprueba el Estatuto del Instituto de Salud "Carlos III"​ corresponde a la Subdirección General de Evaluación y Fomento de la Investigación, sin perjuicio de las atribuciones de otros órganos del departamento, el ejercicio de las siguientes funciones:

a) La promoción, gestión, evaluación y seguimiento de la investigación extramural en ciencias de la salud con especial atención a la investigación biomédica y sanitaria traslacional.

b) La coordinación de las actividades de investigación en biomedicina y en ciencias de la salud, en relación con el Plan Nacional de I+D+I y con los Programas Marco de Investigación, Desarrollo Tecnológico y Demostración de la Unión Europea.

c) Las acciones que favorezcan y consoliden la investigación en el Sistema Nacional de la Salud.

d) La implantación y la gestión de un sistema de Evaluación de la capacidad investigadora de los Institutos de Investigación promovidos por el Sistema Nacional de Salud.

e) La difusión de las tareas investigadoras.

f) La identificación y evaluación de las tecnologías nuevas o establecidas que necesiten evaluación y que permita fundamentar técnicamente la selección, incorporación y difusión en el sistema sanitario y la elaboración de estudios prospectivos sobre las nuevas y emergentes tecnologías sanitarias.

g) La producción, revisión, evaluación y síntesis de la información científica y el establecimiento sobre estas bases del impacto médico, ético, social y económico, determinado por el uso de diferentes tecnologías, tanto de nuevas tecnologías como de las ya existentes, y el fomento de la coordinación de la evaluación socioeconómica de la tecnología médica.