Corresponde a la Secretaría General la administración general del Instituto, que incluye entre otras actividades:

La gestión de personal.

La gestión económica-financiera y presupuestaria.

La gestión de infraestructuras, suministros y servicios generales del organismo.

La gestión de los servicios informáticos y de comunicaciones.

La coordinación de los proyectos de disposiciones normativas y de convenios y acuerdos.

La promoción y protección de la salud laboral.