Las Unidades Centrales Científico-técnicas (UCCTs) de la SGSAFI es un área creada en 2016 integrada por nueve Unidades, Veterinaria, Microcirugía Experimental-Micro manipulación de gametos (MEMIG), Histología, Microscopia Electrónica, Microscopía Óptica Avanzada, Citometría de Flujo, Proteómica, Genómica, y Bioinformática.

Hasta que se consolidaron como área independiente en el 2016, Histología formaba parte de la Unidad Funcional Investigación en Enfermedades Crónicas (UFIEC) y las otras cinco pertenecían a la estructura del Centro Nacional de Microbiología: Veterinaria, Microscopia Electrónica y Confocal (aun sin dividir), Citometría de Flujo, Genómica y Bioinformática. Las UCCTs están en constante crecimiento en virtud de los requerimientos de los usuarios, por ello en el último trimestre del 2021 se aprobó la disociación de Microscopía Electrónica y Confocal (ahora Óptica avanzada) ofreciendo así dos unidades totalmente independientes, y además se inicia la creación de dos nuevas: Microcirugía Experimental-Micro manipulación de gametos (MEMIG) y Proteómica.

Las actividades técnicas que desarrollan las Unidades son muy diferentes entre sí, pero todas ellas van orientadas a dar el soporte a los investigadores de todos los centros del ISCIII que soliciten la asistencia científico-técnica y prestación de servicios de alta calidad. En este sentido, las Unidades de Veterinaria, Microscopia Electrónica, Microscopía Óptica Avanzada, y Citometría de Flujo tienen la certificación de AENOR del Sistema de Gestión de Calidad según la ISO:9001-2015, y las unidades de Genómica y Microscopía Electrónica tienen ensayos acreditados por la norma ISO 15189.

No obstante, hay que destacar que los miembros de las UCCTs desarrollan una triple actividad. Además de ofrecer servicios técnicos de alta calidad efectúan una labor investigadora mediante proyectos propios o en colaboración con otros grupos, y se implican en la formación de personal técnico o científico, participando en actividades inherentes a cada Unidad, en las encuadradas dentro del programa de formación del ISCIII y en los programas formativos de IMIENS- Instituto Mixto de Investigación UNED.