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Unidad de Bioinformática
- Servicios básicos: descarga, preprocesamiento y control de calidad de datos de secuenciación masiva.
- Análisis de datos de secuenciación de genoma completo:
(i) Investigación de brotes:
2. Análisis gene-by-gene utilizando esquemas core-genome (genoma núcleo) o whole-genome (genoma completo) MLST.
(ii) Genómica comparada:
1. Ensamblado, anotación funcional y estructural.
2. Análisis de pangenoma.
(iii )Análisis de resistencias y virulencia, y DNA extracromosómico:
1. Detección de genes de resistencia y virulencia.
2. Detección y reconstrucción de plásmidos.
(ii) Análisis de datos metagenómicos para la caracterización completa de la muestra, descubrimiento de nuevos patógenos y/o la reconstrucción parcial o total de genomas de patógenos.
4. Análisis de RNA-Seq:
(i) Cuantificación y expresión diferencial de genes, tránscritos y nuevas isoformas o miRNA.
(ii) Llamada a variantes.
(iii) Ensamblado de novo
5. Secuenciación de amplicones/Enriquecimiento por sondas (Deep sequencing):
(i) Análisis de variantes y generación de genoma consenso viral.
(ii) Caracterización de cuasiespecies.
(iii) Análisis filogenéticos y filodinámicos.
6. Asesoramiento en bioinformática y formación: se ofrece servicio de asesoría para el diseño de experimentos e interpretación de resultados, así como la organización de cursos de formación o la oferta de estancias para la formación de profesionales en el ámbito de la Bioinformática.
7. Soporte a Usuarios en el uso de infraestructura computacional: generación de máquinas virtuales para que el usuario pueda analizar los datos genómicos.
Todos los desarrollos llevados a cabo por la unidad se pueden consultar en su repositorio: https://github.com/BU-ISCIII