La unidad de proteómica dispone de 3 equipos de espectrometría de masas, así como de un equipo automático para la preparación de muestras para su análisis por espectrometría de masas:

• ​Orbitrap Exploris 480 (ThermoFisher Scientific) desde noviembre de 2022: equipado con dos analizadores de masas y FAIMS Pro Duo Interface.
• Orbitrap Eclipse Tribrid (ThermoFisher Scientific) desde marzo de 2024: equipado con 3 analizadores de masas.
• Orbitrap Astral (ThermoFisher Scientific) desde marzo de 2024: equipado con 3 analizadores de masas y FAIMS Pro Duo Interface.
• Accelerome (ThermoFisher Scientific) desde marzo de 2024: plataforma para la preparación automática de muestras para espectrometría de masas    ​(TMT y label free).​

Adicionalmente, la unidad dispone de un equipo de impresión de microarrays (sciFLEXARRAYER S3, Scienion), de un Biacore T200 (Cytiva) y de un Octet SF3 (Sartorius) para el análisis de interacciones proteicas y de un Akta Pure para la purificación de proteínas.​