La proteómica consiste en el estudio a gran escala del contenido proteico de una célula, tejido u organismo en un momento especifico y en unas condiciones determinadas, permitiendo estudiar la estructura, función, interacciones y modificaciones de las proteínas. La proteómica es actualmente una de las principales áreas de la biología molecular y celular, siendo su aplicación de gran relevancia para el estudio de enfermedades, desarrollo de fármacos, caracterización de organismos y la compresión en profundidad de los procesos biológicos. Los estudios proteómicos nos permiten comprender el funcionamiento de las células y organismos a nivel molecular, siendo la información aportada complementaria a la proporcionada por otras técnicas -ómicas-, como la genómica o transcriptómica. La Unidad de Proteómica del Instituto de Salud Carlos III, puesta en marcha en el año 2021, centra su actividad en proporcionar asistencia científico-técnica relacionada con la proteómica a los diferentes grupos de investigación del ISCIII. Adicionalmente, la unidad ofrece cursos de formación en el ISCIII y se encarga de la preparación de muestras, realización de ensayos proteómicos y del análisis de datos -ómicos-. La unidad dispone actualmente de los equipos más avanzados de espectrometría de masas e impresión de microarrays, los cuales ofrecen una amplia versatilidad en cuanto a las técnicas proteómicas que se pueden realizar en la unidad para dar apoyo científico-técnico a todos los investigadores del ISCIII. Estos equipos permiten una gran flexibilidad y capacidad para abordar diferentes tipos de análisis proteómicos relacionados con diversos ámbitos de la investigación. 

Las principales funciones de la Unidad son: 

• ​​​​Servicio de Apoyo a la Investigación. La Unidad de Proteómica proporciona asistencia científico-técnica a los grupos de investigación del ISCIII que lo requieran, participando en el asesoramiento científico, planificación de experimentos, realización de ensayos proteómicos y análisis de datos -ómicos- empleando distintos softwares informáticos. ​
• ​​Formación: La unidad presta un servicio de formación en técnicas y aplicaciones de proteómica para el personal del ISCIII que así lo soliciten, tanto de forma individual como a través del programa de formación interna del Instituto.​​