La AETS participa en la organización, coordinación y realización de actividades docentes en colaboración, fundamentalmente, con la Escuela Nacional de Sanidad y la Escuela Nacional de Medicina del Trabajo, así como con otras instituciones sanitarias, como centros de investigación, hospitales, universidades, de ámbito nacional o internacional. El contenido y profesorado de cada actividad docente se acuerdan de forma específica a las necesidades concretas del contexto concreto en el que se desarrollarán las actividades formativas.

En la AETS se realizan también rotaciones de residentes de Medicina Preventiva y Salud Pública como parte de su proceso de formación sanitaria especializada.